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      基因剪刀CRISPR–Cas9遭质疑,《自然》子刊编辑重点关注

      发布日期:2017年11月18日 16:00   来源:66科技网

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      今年5月30日,期刊《Nature Methods》刊登了题为“Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”的文章,指出CRISPR-Cas9技术会导致小鼠体内数百个非目标突变。显然,这对于享有“上帝之手”“基因剪刀”之称的基因编辑技术CRISPR的脱靶性问题提出了质疑。论文一经发表,便引起了生物界的广泛批评。人们认为该论文实验设计不科学、数据不充分。
      6月14日,《Nature Methods》在线更新了“Editorial Note”,告诫读者该论文结论受到批评,编辑部会进一步跟进。

      7月25日,期刊补充发布了“Editorial Expression of Concern”,提醒读者关于论文数据解读的问题。他们指出,论文将两只通过CRISPR-Cas9编辑的小鼠的全基因组序列中出现的单核苷酸变化,归咎于CRISPR编辑。很多研究组对这一解释无法认同。由于对照组小鼠和接受CRISPR/Cas9编辑的小鼠的背景基因多样性差异不明确,出现这种变化可能是源于正常的遗传多样性。

      《Nature Methods》还表示,他们会同批评者以及论文作者保持联系,以进一步调查此事。并将及时告知读者。有趣的是,编辑部指出原论文作者并不同意期刊发表此条“Editorial Expression of Concern”的决定。
      作者之一,来自美国爱荷华大学的Alexander Bassuk表示,他和同事在两周前就已通过邮件得知期刊将发布EOC的消息,“期刊并没有和我们讨论太多想法。”
      不过,Bassuk介绍,他们正在准备回应两家基因编辑公司Editas和Intellia Therapeutics对此事提出的批评。EOC中对于小鼠全基因组序列中出现的单核苷酸变化提到的“alternative proposed interpretation”,正是来自于Editas Medicine的两位联合创始人:哈佛医学院的George Church,以及麻省总医院的Keith Joung。据悉,自5月底论文发表后,引发了人们对CRISPR安全性的担忧,从而导致Editas和Intellia Therapeutics两家公司股价大跌。
      George Church认为该研究存在菌株差异问题:
      “If they haven’t ruled outthat [the genetic difference] is due to the strain differences, it’s probablydue to the strain differences, based on published strain characterizations.”
      7月5日,来自哈佛大学和麻省总医院的7位学者联名在预印本网站bioRxiv发表文章,提出同样问题,认为那两只接受CRISPR-Cas9编辑的小鼠相比对照组小鼠基因更为密切相关,故所谓的“unexpected mutations”来自于共同的插入缺失和单核苷酸多态性,而非基因编辑所致。
      不过,作者团队并不示弱,表示已经准备好了对这篇文章的正式回复,并将于几天内提交期刊:
      “我们结合桑格测序,对已经公开的全基因组序列数据进行了深入研究。结果在我们原先报告的CRISPR/Cas9脱靶突变位点发现了很多等位基因(每个检查都多于2个),包括单核苷酸变化。这些等位基因变异无法被简单地解释为双亲遗传,所以这是个令人兴奋的消息。”
      而一位Springer Nature发言人则拒绝确认期刊是否要求作者团队给批评意见予以回复,表示他们会对这些单独通信保密。
      参考文献
      https://www.nature.com/nmeth/journal/v14/n6/full/nmeth.4293.html#correction2
      http://retractionwatch.com/2017/07/26/controversial-crispr-paper-earns-second-editorial-note/
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